洁净无尘车间的清扫一般须在生产工艺结束后进行，如有必要在生产前清扫，则工艺生产必须在净化空调系统开机运行时间达到洁净要求后方可开始进行。为防止交叉污染，清扫洁净厂房设施均应按产品特点、工序要求、洁净度等级不同分别专用。
清扫工具一-般采用集中固定式和便携移动式真空清扫设备。如不具备上述条件，也可采用不掉纤维的材料如丝光毛巾、尼龙布进行擦拭，-般每天1次或数次。建议使用无尘车间专用清洁设备。
工作台及工器具清扫一般每天一次; 10~1000 级厂房墙壁、地面清扫，一般每周一次，1万~10万级每月一次。无尘车间的净化空调系统每年宜清洗1~2次，并委托专门清扫人员进行。
对无尘车间，除对送入车间内的空气中的生物或非生物微粒数要受到控制，还要对室内器具、地面、墙面、壁板等表面进行消毒处理。
传统灭菌方法为:紫外线灭菌、药剂灭菌、加热灭菌和臭氧灭菌法。它们安全可靠性都很好，应用最为广泛。
另外，整个被消毒灭菌的快装模块化洁净室应通过送回风管形成循环状态，每天开机做空气灭菌1--1.5小时;若需对快装模块化洁净室墙体、地面和设备等表面进行消毒灭菌则需2小时左右无尘车间内的有害物质就能够得到有效的控制。
